No.6

Yımmm gelelim No.6'ya 12 yaşındaki Sion doğum gününün gecesinde açık penceresinden gelen davetsiz bir misafir ağırlar. bu çocuk kendisine Nezumi (fare) demektedir. Sion çocuğun kolundaki yarayı  fark eder ve tedavi eder. Sion daha sonra Nezumi'ye yiyecek getirmek için aşağı indiğinde haberlerde sevgili misafirinin aslında hapisten kaçtığını öğrenir ama onu ihbar etmez.Ertesi sabah uyandığında Nezumi gitmiştir aynı gün Sion un evine polis gelir ve Sion'u sorguya çeker her ne kadar bir kaçağı saklamak suç olsa da Sion'un yaşı küçük olduğu için hapis cezası almaz onun yerine No.6'nın elit kesimindeki dairesinden taşınmak ve kayıp şehir diye bilinen kenar mahalleye yerleşmek zorunda bırakılır. O olaydan 4 yıl sonra temizlik görevlisi olarak çalışan Sion parkta tuhaf görünümlü bir ceset bulur. Ertesi gün parkta ölen adamın 29 yaşındaki eşi gelir ve eşinin ondan yalnızca 3 yaş büyük olduğunu söyler ama ceset 70 yaşından daha yaşlı görünmektedir bu işte bir tuhaflık olduğunu, görevlilerin bir şeyler gizlediğini düşünen Sion bir iş arkadaşının da bir anda yaşlanıp öldüğünü görür ve tanık olduğu için tutuklanır. Sion hapishaneye nakledilirken Nezumi nakil aracına saldırır ve Sion'u kurtarıp Batı Kanadındaki Yıkık Şehir'e götürür. Anime Sion, Nezumi ve arkadaşlarının No.6'yı yok etme çabaları üzerinde ilerler.